故事内容延续第一部TV版攻壳机动队STAND ALONE COMPLEX的剧情继续发展。但TV版的2部作品与剧场版无甚联系,可以看做是两个平行世界里发生的事情。 这次TV版第2季的制作班底与第一部相同,同时剧情表达上和第一季一样,每话由不同故事构成,各自独立成章,却贯穿着同一条主线。在剧情上同时电影版导演押井守也参与了协力,不过电影版中凄凉的气氛没有在TV版第二季中体现。
在东京皇家酒店电梯内死亡的年轻非裔男子被发现后,警方展开调查,并从死者遗体中得知他的名字叫约翰尼,推断他未来的目的是寻找生母。根据各种线索,警方赶到某温泉,发现其线人已被杀害。
能够看见龙的存在的人,只有居住在位于表面伦敦(Front London)“背侧”的里伦敦(Reverse London)的人们。在他们当中,被选中的人们成为Witch(魔女)/Wizard(魔法使),并具备与龙直接接触的资格。主人公是自然龙保护管理机关「Wing Bind」(通称WB)的保护官,新桥诺艾尔和妮妮·斯庞柯尔这对魔女组合。她们的使命,是代替无法接触龙的人们,对栖息于伦敦的龙进行保护及管理。