奥利维亚(长江里加配音)是该校的一名新转学生。金发碧眼的她有一张标准的外国面孔,但事实上,她在日本出生长大,一点英语都不会。野村和美(小原和美配音)有着非凡的智慧,几乎在所有学科中都名列前茅。
与此同时,一项应用面部识别系统的“新技术”的测试也在进行中。。。另一方面,柯南和一支青年侦探队被邀请到公园观看八章岛上的鲸鱼。这时,柯南接到重亚昂(赤井水一饰)的电话,被告知欧洲刑警组织成员在德国被琴久杀害。为了调查真相,柯南秘密潜入黑田警卫和其他前往“太平洋浮标”进行安保工作的警察乘坐的安保船,并进入该设施。之后,在稳步准备系统启动的设施中,发生了一起案件——一名女工程师被一个黑衣组织绑架,她的装有一定情报的U盘也落入黑衣组织手中。可怕的螺旋桨声从海里传来。而此时此刻,在八丈岛上的阿石原爱身边,也有一道黑影悄然靠近
最近,大熊经常被奇怪的梦困扰,然后他房间中央的榻榻米下一直有噪音。有一天,榻榻米被撞开了,一只兔子一样的生物从里面跑了出来。它叫查米,是外星男孩罗布姆的宠物。