一名孤僻的男子来到乌贼加工厂工作，在社区里认识了奇怪大叔和四处推销墓碑的父子，以及心事重重的女房东，他们各自背负着秘密，却在不知不觉中成为彼此相互扶持的依靠。
在帕特里亚大陆诞生的民主主义国家“帕特里亚”。 在由于经济不平衡而导致分裂成“北部帕特里亚同盟”与“南部帕特里亚联合”的这个国家，持续着长年的内战。陷入了劣势的北部，为了战胜南部，终于用上了禁忌的技术。
当芭洛特再次醒来，发现自己正置身于传说中的禁忌科学诞生之地——“乐园”实验室，再次她见识了许多奇怪的发明，并了解到“乐园”和三博士的过去。经过一番追查，她终于得知榭尔（中井和哉 配音）的记忆正藏在卡西诺赌场的一枚筹码之中。为了追查榭尔的过去，芭洛特化装成赌客走入凶险的赌场…… 本片根据冲方丁的科幻小说改编，为“壳中少女”三部曲中第二部（另两部分别为“压缩”和“排气”）。
