某日,双叶幼稚园的孩子们正在船屋里愉快的玩耍,一位名叫美色(三石琴乃 配音)的神秘人物忽然现身,紧接着,一艘巨大的飞船将船屋整个抓了起来,来不及逃跑的风间(真柴摩利 配音)和小新(矢岛晶子 配音)等人和飞船一起消失在了空中。缅因猫兽的暴走,以及由此引发的重启。 留下苦恼的芽心,太一等人前往数码世界。 重逢的搭档数码宝贝们,失去了至今为止的全部记忆。 即使如此也为了再次筑起羁绊,而伸出手去的被选召的孩子们,与回应此的数码宝贝们。