在可见的未来，人类偶然发现了被喻为之谜的“盖塔射线”，但是无人知道，那将会是世界末日的开始……由于INVADER突然来袭，月球在转眼之间被占领，跟着，它们的魔爪企图伸展到地球。
Zi-O使用变身腰带“时空驱动器”，并装上变身道具“驾驭表头”变身。而且，能透过获得蕴藏着历代平成假面骑士力量的驾驭表头，将其力量解放，便能够穿上各平成骑士的装甲。这样，能够使用全部平成假面骑士力量的Zi-O，简直就是拥有从2000年开始“平成假面骑士”20部作品力量的超级英雄！自此，平成最后一位假面骑士的故事开始了。
为了保护最重要的人，找回真正存在和不可替代的时间，这个年轻人抵抗了绝望，勇敢地面对残酷的命运。（这个新的集版本为动画的第一季添加了新的场景，将2集合并为1集，创建了一个持续时间为1小时的特别集。）
