之后,一个神秘的环保组织SKBE掳走了小新一家人,而为首的,竟然是双叶里的里长四膳守(山寺宏一 配音)。原来,四膳首是一位激进的环保主义着,妄图通过一种神秘的药物将破坏环境的人类全部都变成动物,而小新捡到的神秘液体就是还尚处于测试阶段的药物,四膳守准备将美伢和广志当做实验对象进行研究。在神秘女子维多利亚(后藤邑子 配音)的帮助下,小新一行人成功出逃,他们和春日部防卫队一起,决心破解四膳守的阴谋。
1968年越前海岸三里浜,因不满老大安本富藏(西村晃 饰)独霸组织经营权,富安组•安本组若头川田登(松方弘树 饰)使用武力逼其交出游艇、赛马等行业的权力。交易虽然达成,但安本对川田恨之入骨。
故事发生在巨人和人类共存的学校里。艾伦和他的同伴们将与巨人爆发出怎样的故事?