《超级机器人大战·原创世纪》的背景是新西历，人类正式开始进出宇宙2世纪，但因为2次大型陨石的坠下，人们的生活还是维持在21世纪初。到了新西历179年，第3颗陨石“流星3(メテオ3)”坠落于南太平洋的マーケサズ群岛海面。
这条美人鱼性格开朗、活泼、热情，但有些缺乏正念让人非常担心。就这样，阿托和石坚之间奇妙的关系开始了。与此同时，静美的朋友们，成熟稳重，渴望与人类坠入爱河，Yuda（Shosakuri配音）和素食主义者Hichi（Nonaka Blue配音），他们可以与任何人成为好朋友，他们对自己的火辣身材完全漠不关心，只有静美和其他美人鱼的空间的Fuji（原田瞳配音）出现在舞台上。海洋和陆地之间即将上演哪些有趣的故事？
