为了寻找自己命运的线索,埃克斯踏上了旅途。 身世神秘的调音巫女蕾娜(上田丽奈 配音)、好爽奔放的强壮青年塔奥(江口拓也 配音)、我行我素不拘小节的少女诗音(久保田未梦 配音),一路上,埃克斯遇到了很多拥有异常生命之书的旅伴们,在结伴而行的过程中结下了深厚的友谊。此兩個等於親生兄長的機械人,就開始為地球作戰了。被各国分割统治的中世纪的神州·日本。在那上空中由八艘船组成的都市舰“武藏”航行着……在遥远的未来。经过了“重奏统合争乱”,并把联繫着人类的命运的“圣谱”作为原本历史的再现而执行的各国。