由“国家组织CIRS”新设的特殊技能训练校“美滨学园”……因各种原因失去归所的少女们被交付的是,枪与实弹。使用手枪的玲奈、擅长狙击的桐花、炸弹与信息处理的克莉丝、负责谍报活动的忍者邑沙季。少女为了保护悠二不被法利亚格尼袭击,开始与悠二一同生活。悠二满怀感激向少女道谢,不料少女却如此低喃:“你已经不存在了。” 我已经死了?存在丧失者·悠二为何还能够思考呢……