为了纪念他生前母亲对他的昵称，小乌龟给小乌龟取名为“投头”，并在父亲不知情的情况下把投头留在家里。平时不喜欢在家说话的小透一天比一天开朗，这让小洁既惊讶又高兴。然而，事情并不是那么简单。这不仅仅是一只普通的小乌龟。它不仅以惊人的速度生长，而且知道如何创造气流在空中飞行。儿时的邻居女孩西尾麻衣得知了这一切，并告诉小导师，托托可能在33年前通过自我毁灭拯救了志摩城的怪物Gamela。后来，呆头长大了，无法掩饰，小呆把它搬进了海边的一个秘密小屋。马伊琾一直有心脏问题，第二天她将去名古屋的一家大医院做手术。得知此事后，小透决定将当地流传的能给马伊琾带来好运的深红色守护石送给他。这块守护石正是投头出生时发出红光的石窝。马伊琾为此向两位小透表示感谢。有一天，投投突然从小屋里消失了。小头正准备四处搜寻时，一只名叫吉达希的凶猛蜥蜴怪物出现了，它不仅在镇上肆虐，还捕食人类。小杰赶到现场，打算带儿子和同伴脱离危险，但他不知道吉大士已经在背后开口了。就在关键时刻，一个巨大的身影一闪而过，将纪大石打得粉碎。果不其然，图图就是年轻的卡米拉。经过一场激烈的战斗，只有Thorough成人大小的四分之一，最终将Jidus驶入大海。他耗尽了自己的力量，被政府内阁官员和巨型生物审查委员会带走。然而，Thorough只能看着Thorough被军队护送离开。然而，坏消息后来带来了好消息：马伊琾的母亲打电话告诉小透，她女儿的手术已经成功完成。令人惊讶的是，马伊琾一直梦想着把守护石还给透透。学者愚公原本打算对卡米拉进行一次诱导生长的手术，以使其快速成长，抵御可怕怪物的攻击。然而，当实验仍在进行时，吉达希再次降落在名古屋，让研究机构措手不及。他的成长并不是完全透明的，所以他只需要再次面对它。此时，小透正在前往名古屋的路上，意识到守护石必须回到头透才能发挥最大的力量。但小透的徒步旅行太慢了，马伊琾也很想亲自把守护石送回来，但被父母和医生劝阻了。Tou Tou在面对纪大石的时候根本没有还手的力气，现在已经很危险了！
住在这里的女孩们都有自己的魔法盔甲，希望通过学习如何操纵她们成为一名合格的战士。事实上，导弹伤害有一种特殊的能力，可以通过触摸女孩的身体来增加她们盔甲的力量。千鸟原爱音（由映山灯配音），外冷内热，嘴硬心软。有激情、有傲人身材的有莉霞（千崎千夏配音）和丰治委员一川英六（长崎树里配音）很快在学校交到了朋友。
市建龙园高级中学又迎来了一个和平祥和的日子。一位名叫Lumu Yuan（由Yumu Bi配音）的大二女生和她的朋友Sayega美树（由Hidamura秀吉配音）和仁美智珠（由Shinagai Ryoko配音）讨论浪漫话题，享受年轻女孩的快乐青春。就在这时，一个叫小美彦（斋藤千和配音）的新生来到了班上，这个带着一丝神秘气质的女孩让小圆相当困惑。在和Sayega一起放学回家的路上，小圆听到了一个浑身伤痕累累的未知生物的呼救声，而正是严小美在追赶它。在关键时刻，他们得到了魔法女孩巴玛米（水桥翔之配音）的帮助，巴玛米也是神奈原高中的学生，并了解到这个名叫丘比的生物有能力帮助人们成为神奇的女孩。女孩们无意中打开了通往另一个世界的大门。。。这部电影是《魔法女孩》的剧场版，分三部分上映，由电视版12集改编而成。
