阳光明媚，风平浪静，草帽海盗队的队员们玩得很开心。就在这时，娜美突然发高烧，无法起床。为了治好她的病，所有人都扬帆起航，抵达了被称为“永恒的冬天之岛”的医疗巨人麻古王国。
这是一个关于人类与超越人类智慧的人类之间分离与共存的故事。世界上的大部分社会都是由名为hIE的人形机器人管理的。一个名叫元腾的17岁男孩，一个新来的人，有一天遇到了一个名叫雷西亚的人形机器人，并与它签订了主从合同。
继第一季之后，《黑暗之菊》的故事继续以外国电影的形式讲述短小精悍的恐怖故事。这一次扩大了制作阵容，在恐怖领域占据重要席位的导演清水隆（《怨声载道》饰）和井上升（《财富无限》饰）纷纷加盟，无疑提升了本作第二季的恐怖指数。在片尾曲方面，初音带来的《四十九天眼》有着不输前作的邪典光环。此外，官方网站仍不定期提供恐怖短篇小说，让爱好者继续在黑暗世界中游荡。
