从被吞噬中逃生的天空之树被竖立起来了。人们在奇怪的景象前假装——还有一些东西从黑点内部靠近。在无法到达的绝望中，人们从被称为“敌人x的数不胜数”的黑点来到宙斯。
一次偶然中，又兵卫结识了名叫真一（武井证 饰）的少年，让又兵卫感到吃惊的是，真一告诉他自己来自未来。受廉姬所托，又兵卫成为了真一的监护人，而春姬即将与大国大名大仓井高虎（大泽隆夫 饰）政治联姻。 镜头转回现代，真一的失踪让身为父母的晓（简井道隆 饰）和美佐子（夏川结衣 饰）十分焦急，追寻着真一留下的线索，晓和美佐子也穿越回了古代，在那里，他们找到了真一，一家三口成为了春日城的座上客。
在学院都市洁儿尼中发生了一场骚乱，刚刚入学就读于普通教育系的新生雷冯（冈本信彦 配音）在混乱之中展现了自己出色的应变和战斗的能力，因此被学生会长发掘，转入了武技系，更获得了加入都市护卫第十七小队的资格。外冷内热沉默寡言的菲丽、恪尽职守坚韧强悍的妮娜、个性轻浮但十分可靠的夏尼德，这些奋战在前线的伙伴们，为了守护他们赖以生存的都市，甘愿付出血的代价。
