为了防止犯罪团伙报复他,信义决定匿名并秘密追捕他们,希望能获得解药。有一天,新一的女友Maurilan来到阿里医生家,寻找她男朋友的下落。被小兰抓住的新一很快编造了自己的名字江户川柯南,然后柯南就和小兰在一起了。小兰的父亲森小五郎是一名私家侦探。新一可以利用他出去和他一起调查夜人的下落。柯南在小学时遇到了布美等小学生,他们一起组织了一支青年侦探队,向罪犯宣战!
可就在一年前的某日,淳美选择自杀,虽然侥幸挽回性命,但从此陷入深度昏迷中。为了探究妻子自杀的原因,浩市利用先进“Sensing”技术与淳美的意识联通。在对方的脑海里,他见到久违的妻子,而淳美则请求他找到童年时一副蛇颈龙的画。在此之后,虚幻与现实的界限逐渐模糊,浩市将发现意想不到的事实…… 本片根据乾绿郎的同名科幻推理小说改编。