《金田易青年事件书R》第二季告诉侦探金田易庚的孙子金田易和儿时好友梅雪七色解开一个又一个谜团的故事。《神田少年事件书R》改编自天书正鲁的原作，也是漫画家佐藤的一部著名长篇推理漫画。
在一次意外中，家世日渐衰落的年轻人吉村信八（金田正弘饰演）遇到了万事屋的主人坂田义史（小栗·修饰演）和天女新若纪（桥本春娜饰演）。他们三个人成了朋友。他们共同的朋友桂小太郎（冈田正人饰演）无故失踪。经过调查，一个名叫冈田秀吉（新井宏饰演）的男子和一把名叫“红鹰”的恶魔刀浮出水面。冈田秀吉是前反野蛮武士高崎（高本刚饰演）的部下。高崎讨厌这个腐败的世界，并一直试图彻底摧毁它。随着红鹰的力量越来越强大，整个江户地区都笼罩在越来越厚的云层中。
