主人公是马拓，他也是一名无所事事的高中生。他的父亲是一名历史学家，但他在研究期间失踪了，留下他和继母相互依赖。暑假期间，主人公收到了父亲寄来的一个包裹，里面有一个指南针和三颗水晶珠，还有一封写着“时间是可逆的，历史是不可逆转的”的信和一些关于平行世界概念的信。他指示主人公晚上去当地著名的地标性建筑剑点与某人会面。Tuoye按计划在晚上到达剑点，发现他的继母Ayumi和他父亲的研究伙伴Takasami都在场。原本友好的龙藏寺突然转过身来，要求一匹马交出收到的包裹，并拔出枪威胁他。就在关键时刻，一道闪电落下，击中了神社的御神石，导致陀罗昏倒。当拓也醒来的时候，周围没有人。回家睡了一会儿之后，他意识到不对劲。我的继母和龙藏寺都不记得昨晚发生了什么。此刻，他意识到父亲送给他的遗物是一种神奇的道具，可以让人们自由地穿越平行世界。因此，他进行了一系列调查，以找到他父亲的真实下落。
在一个阳光明媚的日子里，柯南（高山南配音）、小兰（山崎和加奈配音）以及少年侦探队的朋友们在毛利小五郎（也由小山立配音）的陪同下前往大阪，参加当地举行的“高中生高岳杯”百人一和声比赛。
曼玲乃某大饭店的老板娘，因不满丈夫汉生长期在性欲方面无情的虐待，恰巧好友梦臻因丈夫志文洗肾需要大笔金钱，遂用计将梦臻介绍给汉生任其凌虐。不料奸情在志文察觉之后，志文有感于拖累妻子梦臻，于是自杀身亡。
