本作讲述了池田屋事件后铁之助在新撰组的生活以及在平静生活假象之下暗暗涌动的时代浪潮。日本将迎来一次惊天动地的变革，时代将掀起巨大的浪潮，所有人包括故事的主角们将无一例外地被时代的洪流所淹没……幕末，新撰组即将颠覆，明治维新的曙光开始闪现，是去是留，是生是死，每个人都到了选择的时刻。
由于童年的悲惨遭遇，直枝理树（堀江由衣 配音）的个性变得十分孤僻。长着一张娃娃脸，沉默寡言，没有朋友，这样的理树成为了大家眼里的怪胎。某一日，性格傲娇爱猫如命的枣铃（民安智惠 配音），正直开朗稳重可靠的枣恭介（绿川光 配音），四肢发达头脑简单的井之原真人（神奈延年 配音），成熟勇敢剑术一流的宫泽谦吾（织田优成 配音）四人出现在了绝望的理树面前。他们自称“Little Busters”，想要利用理树的力量来完成拯救世界的重任。 就这样，理树成为了LB中的一份子，整日奔波解决一些说来宏大但其实十分平凡的委托。在相处的过程中，本来行为举止十分怪异的同伴们渐渐的变得可爱起来，理树也逐渐敞开了紧闭的心门，找回了久违的快乐。他开始明白，只要有一颗开朗向上的心，这样的生活一定能够继续下去直到永远。
主人公史亚失忆，与同事一起前往管辖范围外的神户六甲山进行集体旅行。当我们到达山区酒店时，已经有六位客人聚集在这里了。而这六位客人也不约而同地收到了“神秘邀请函”，然后来到了这里。与外界相连的道路很快被切断，酒店变成了一座陆地岛屿。
