故事发生在第25代德川幕府将军德川庆子统治下的日本。德川家族成立了武夫学院，并组织了学生会来对抗仍在顽强抵抗的丰臣派。Yoshimoto Tsushiro（平川大辅配音）是武英学院的高材生。
“Code Geass Rebel Lulu Xiu”的故事始于日本的“11区”，这些地区被神圣的不列颠帝国入侵并灭亡。渴望粉碎帝国的黑王子鲁鲁修和坚持正义的白骑士朱雀引发的巨大变化。
内容为－－被认为是地球联邦政府暗中操控的“比斯特财团”将把最高机密“拉普拉斯之箱”交给新吉恩的残党军“袖付”。 另一方面，在安纳海姆工业专门学校就读的少年巴纳吉·林克斯遇见了自称为奥黛丽·本的少女（实为旧吉恩公国次男多兹鲁·扎比之女，美耐巴·扎比）奥黛丽为了制止新的战争爆发，必须组织“拉普拉斯之箱”的交易。巴纳吉在数次帮助奥黛丽之后，逐渐被她所吸引。 随后，地球联邦察觉了这起交易，并进行军事介入，工业殖民地随即化为一片火海。巴纳吉和同伴一边避难一边寻找着奥黛丽，而出现在他面前的是比斯特财团的当家卡迪阿斯·比斯特。奄奄一息的卡迪阿斯将出生的秘密告诉了巴纳吉，并且将箱之钥匙－－“机动战士高达独角兽”托付给他。 随后，一场围绕“拉普拉斯之箱”的战争开始了……
