此时,皇帝向萨摩藩、长州藩下达了讨幕的密敕,并紧接着颁布了王政复古的大号令。朝廷宣告了德川幕府的终结。对此承诺的庆喜移居大阪,新撰组也再一次以并非“浪士集团”而是“幕臣”的身份备战,将屯所移至伏见奉行所。 新撰组队士·市村铁之助,怀着对从以前开始就关系亲密的少女·沙夜的思念,以副长·土方岁三小姓的身份,与身为队医的好友山崎烝、兄长辰之助一起,准备共同迎来身为新撰组一员的命运,但……。 期盼成为武士而前往京都的年轻人们,为了能够衣锦还乡而向着战斗突进。即使最终迎来的会是悲伤的别离……。
一次意外中,更达和更纱遭遇了赤王朱里(井上和彦 配音)的军队,所幸被扬羽(盐泽兼人 配音)所救。数年后,赤王的军队以造反罪处死了更达,为了复仇,悲愤的更纱女扮男装扮作更达带领村民们逃离故土。 传说中,只要寻得四把宝刀,即可获得强大的力量,心中充满仇恨的更纱踏上了寻刀之旅。可是天意弄人,在途中,她与朱里相遇了。不是以赤王和更达的身份,作为一个普通女子和一个寻常男子,不知情的两人相爱了。背负着沉重宿命的两人在得知真相后皆痛不欲生,但是责任与道义使得二人不得不兵戎相向。最终,更纱决定放弃更达的身份,放弃憎恨和复仇,她原谅了朱里,可是一直支持她的众人却不能原谅她。
奈良にある興福寺から「裏の八部衆像」を守ってほしいと依頼を受けた孔雀。一般には知られていない像だが、その存在を知る何者かが狙っているという。そして、孔雀は「裏の八部衆像」の「阿修羅象」に史上最強の鬼が封印されていたことを知るのだった。