半空之中,漂浮着闪烁着多彩光芒的“知识之箱”,那里面藏着数不尽的世界、时间和人类。杜娅尔(种田梨沙 配音)与多萝茜(佐仓绫音 配音)穿梭于“知识之箱”之中,与侵蚀各个世界的病毒作战。凡是被病毒污染的世界,必须尽快予以消除。经过生死考验的新免武藏(三船敏郎 饰)在僧人泽庵(尾上九郎又兵卫 饰)的举荐下侍奉大名,并更名宫本武藏。为了磨练意志和武艺,他离开等待自己的阿通(八千草薰 饰),四处云游挑战强者。