明治维新十二年后，日本迎来了一个新时代。曾经强大的刽子手飞村建新现在成为了一名和平主义者，与朋友在东京过着平静的生活。一天晚上，建新最喜欢的餐厅遭到枪击，只留下一张写着“人类惩罚”的纸条——有人正准备代表天堂行事，审判的日子即将到来。
北原一树（Ryoshi Ryo饰演）在升入大学后，登上了叔叔经营的潜水店“GRAND BLUE”，与十年未见的表亲川端奈和川端佳纱（田由纪饰演）住在同一屋檐下。
故事发生在御伽学园里，大神凉子（伊藤静 配音）是一个身材娇小但个性十分凶悍的傲娇少女。在学园中，有一个名为御伽学园学生互助协会的神秘组织，而大神正是其中的一员。
