谁知当一切都按部就班进行之时,意外突然发生。与此同时,距离大使馆不远的一座摩天大楼内,日本首相遭到密码箱炸弹的暗杀,素子之前的上司陆军501机关的机关长库露兹(浅野麻由美 饰)也在爆炸中丧生。经过缜密追查,素子等人发现一种能够篡改记忆的病毒正在网络蔓延,而她的身世居然和一连串的事件有着密切联系。危机当前,阴谋悄然复出水面…… 本片根据士郎正宗的同名原作改编,系《攻壳机动队》诞生25周年纪念作品。
在广播中,武藏和他的随行人员遇到了由上杉龙史率领的大型武士团——上杉武士团。他们的目的是镇压驻扎在阿瓦鲁岛上的巨大鬼神“炮战龙八枝蛇”。还有武田尚虎率领的武田武士团、与武藏同龄的武士岛津明弘和二子胜司,以及略显不那么世俗的害羞的玉曼公主。