女大学生盛善环才在接受主播采访后刺杀了她的父亲，一位著名的画家。由于她美丽的外表和被捕后留下的一句话：“你自己去找我杀我的动机。”这导致媒体不断夸大报道，为什么这个有前途的女儿要杀了她的父亲？为什么连她自己都不明白原因？与此同时，临床心理学家真比·玉姬受出版社委托，计划写一本关于圣山环彩故事的书，从而开始研究这一事件。一个有着复杂情感关系的诱人女孩。。。当她周围的角色指出欢彩的可疑经历时，玉姬发现欢彩身上缺少了一个关键记忆。如果我们在记忆中找到了初恋，我们能解开杀害父亲的原因吗？
當未確認生命體再次出現，連G3也不是其對手時，神秘的金色幪面超人亞極陀登場，這個幪面超人是一位失憶的青年津上翔一變身，起初因未能控制而襲擊G3。 翔一暫住在美杉義彥的家，認識了擁有超能力的風谷真魚，真魚更幫助翔一四出尋找他失去的記憶，並遇上葦原涼。涼在父親的遺物中，發現一本記事薄，當中提及之姓名卻無人知曉，查探父親死因後，竟發現自己是另一個幪面超人－磯烙使。磯烙使是不完整的亞極陀，所以當涼變身磯烙使後會出現後遺証。有次他相當危險，幸得因超古代文明遺傳因子而誕生的青年所救。之後出現的未確認生命體也相繼被翔一，涼以及誠所打敗。 後來，涼誤會女朋友是被亞極陀所殺，造成磯烙使與亞極陀對峙的局面。又因亞極陀多次拯救G3，G3加入戰團對付磯烙使。可惜G3聯手亞極陀未敵磯烙使，警方有見及此更厲害的武器－G3-X。在G3-X和亞極陀合作下，未確認生命體雖然愈來愈厲害，但也被擊倒。 第三個幪面超人是由木野薰變身，他雖然會優先對付未確認生命體，但亦會對付磯烙使和亞極陀，因他認為世上有他就夠了。後來他被強化了的磯烙使所敗，又被涼所救而作出改變。 原來謎的青年是遠古使用闇力量的創造主，他今次派出水的精靈對付三個幪面超人及G3，起初四人不敵，但翔一打破恐懼，令亞極陀的力量再上一層，再合四人之力，將他打敗。 在警方和真魚的調查下發現翔一的姐姐木雪菜也曾經變成亞極陀，而其他擁有超能力的人最終也會變成亞極陀，真魚更發現她的父親的死和亞極陀有關而疏離翔一。這時闇的創造主親自出擊，要收回翔一等的力量。更決定殺盡所有人類，以免有更多的亞極陀誕生。他派出風、地、水三精靈，翔一、涼和誠的最後一戰在此展開。
Alan（由Kaji Yuki配音）、Sanri（由Ishikawa饰演）和Ani（由岛村由纪饰演）是住在高墙后面的孩子。艾伦讨厌调查团越来越懒惰的作风，他相信巨人们总有一天会对人类发动更猛烈的攻击。不幸的是，艾伦的预言实现了，一个巨大的巨人打碎了围墙，在人类的最后一片净土上肆虐。灾难发生后，幸存的艾伦和他的团队加入了调查小组，艾伦和桑里发誓要为他们已故的母亲报仇。
