与此同时，来自国外的红发学生明日香（宫村洋子配音）和玲博丽（林惠美配音）一分为二，以姐妹身份出现，给Ikari真嗣的学校生活带来了巨大的变化。此外，原作中高大帅气的原型也将以娇小可爱的形象作为学院的一部分出现在动画中。该动画以《新世界福音战士》中的人物为原型，取代了原作沉重严肃的氛围，描绘了轻松愉快的校园生活。制作团队首次采用3D Q版设计，搭配逼真的背景和2D拼接，创造出多样化的绘画风格。
世界的崩溃开始了。 暴走的大缅因猫兽吸收了黑暗进化的迪路兽、 用强大的力量进化成了秩序兽。 根据世界树的想法，现实世界将被数码世界所吞噬。 在绝望迫近的时候，被选中的孩子们拼命地向前。 现在太一不在了，能代替他带队的只有大 和。
最近，学校成立了一个新的“From Education Department”，以培养配得上完美小姐的管家和女佣。日野秋原通过了考试，成为了校园里的一名新生。由于长相怪异，眼神凶狠，秋晴在校园里被视为局外人。让他没有想到的是，在这里，他意外地与儿时的玩伴富美彩晶（川口亚子配音）重聚。正是这个性格非常阴暗的天真女孩，给秋晴的童年记忆造成了不可磨灭的创伤。这次意外的重聚是否意味着秋晴的噩梦还会继续？
