Nakamura Kotaro（由Yoichi Nakamura配音）是一名看似普通的高中生，在价格极其实惠的考拉别墅公寓106室过着平静的生活。小太郎再也没有想到的是，有一天，他平静的生活会因为一个年轻女孩的出现而彻底改变。
传说中的部队——创形者队拯救了EL潜行者的第2次志愿者联盟战已经过去两年。 曾经的战场——高达模型联网对战（GBN）在经过版本升级后，加入了感觉反馈功能，代入感也得到进一步提升。不过也有很多潜行者并非出于跟风，而是怀揣各自想法进入这一世界。
それがユーロ・ブリタニアの計略だと見破ったアキトたちは、その本拠である大型飛行艇ガリア・グランデへ乗り込み、因縁の敵・アシ ュレイと激しい戦闘を繰り広げる。戦闘を見守るレイラだったが、突如アキトたちからの連絡が途絶する。必死の通信を試みるも、アキトたちが不在のヴァイスボルフ城がユーロ・ブリタニアの襲撃を受ける。戦力も無く、兵士もいないレイラたちの前に、聖ミカエル騎士団総帥のシンが操る黄金のナイトメアフレーム・ヴェルキンゲトリクスが森を駆け、圧倒的な攻撃力で迫りくる！wZERO部隊が絶体絶命の時、首都パリでは、スマイラス将軍によるクーデターが決行される。E.U.政権を掌握したスマイラスは国民に宣言する。「レイラは死んだ」。シンの絶望、レイラの悲しみ、そしてアキトの怒りを飲み込んで運命の歯車が回る！
