同一天,身着黑衣的美女黑泽菊里受哥哥委托,将一个银色手提箱交给夏目直树,并唤醒一种名为“聪明的魔神”的神秘武器。借着获得这个手提箱的机会,志纯了解到了这个世界隐藏的真相——上帝已经抛弃了人类,这个世界一度被摧毁,利用“恶魔”的力量重新生成了“第二世界”。被命令使用武器拯救世界的志纯遇到了一个自称是恶魔的女巫,以及一个同样被鬼魂困扰的学生校长。男主人公被无数不同类型的漂亮女孩包围,华丽的故事应该开始了
在星奏学院里,学生被分为两类,一类是就读于普通科的平凡学生,另一类是就读于音乐科的能够看见音乐精灵的演奏天才。在一次偶然中,普通科的日野香穗子(高木礼子 配音)撞见了音乐精灵莉莉(水桥香织 配音)。