元和九年（1623年），德川第二代将军秀忠在江户大奥内暴卒，其死因尚未查明，下任将军继承人的问题旋即便被摆上台面。秀忠生前宠爱幼子忠长（西郷輝彦 饰），京都皇族也对其甚为看好，故而江户多数大臣全力拥护忠长出任第三代将军；另一方面，忠长的兄长家光（松方弘樹 饰）是第三代将军的合法继承人，其背后有老中松平信纲（高橋悦史 饰）等文臣的支持，更有将军剑术师傅——柳生宗炬（萬屋錦之介 饰）及其武士家族充当坚强的武力后盾。 为使家光成功践祚，柳生一族广结同盟，在对手处安插眼线，甚至不惜采取暴力手段达到目的。那个夏天，江户城内外陷入权力斗争以及血雨腥风之中……
喜欢神秘事物的东树自然很快乐，但科罗的脑海里充满了入侵地球的事情。他们在那里发现了废墟，因为迷路了，但后来由于意外情况不得不逃离那里。但就在这时，东树看到一个女孩在一瞬间迷失了方向。抱着女孩的神秘感，东树和科若罗回到了东京。但就在这时，最强大的敌人出现在他们面前。它看起来和KERORO一样，但与KERORO不同的是，他想迅速彻底地计划入侵地球的黑暗KERORO。他率领部下CIBABA、DORURURU和MIRURU在世界各国发动侵略行动。与这一切作斗争的科罗队的命运是什么
虽然一开始觉得有点困扰，但却逐渐习惯起来…
