根据梅尔文在监狱留下的蛛丝马迹，兄弟二人前往西方的大国古雷达调查。在这里他们的火车遭到神秘黑蝙蝠的袭击，同时也遇到了梅尔文寻找的少女茱莉亚・克莱顿（坂本真绫 饰）。一番混乱之后，他们相继来到位于地下的贫困之镇米洛斯。米洛斯是大国夹缝中的牺牲品，而她的人民也决定利用圣星的利用重新复兴祖国与民族…… 本片根据荒川弘的漫画原著改编。
白石静悄悄地跟着这样的红雅。我希望你停止因不稳定的情绪而导致的红色建筑否认。柳树让白石离开营地。
所有的动植物都有哥斯拉细胞，成为“怪物星球”的地球。这里的国王是历史上最大的哥斯拉“哥斯拉地球”，高度超过300米。英雄庆南点燃了对哥斯拉的讨伐，他遇到了人类福图亚的后代。在Futuya的双胞胎姐妹Maina和Miana的指导下，庆南等人发现了哥斯拉的决定性武器——机械哥斯拉——的遗骸，该武器仍在扩散。他们使用构成残骸的纳米金属发射了武装堡垒城市的“机械哥斯拉城”，并挑战了“哥斯拉地球”。在这场战斗中，之前共存的外星种族之一比尔沙尔德和人类之间的裂痕逐渐显现。与比尔沙尔德领导人加尔格“如果你想推翻哥斯拉，你必须超越‘人’的存在”的信念相反，阳光人不能放弃“你不能为了推翻怪物而把自己变成怪物，你应该作为‘人’来打败它”的信念。最后，庆南放弃了击败“哥斯拉地球”的唯一机会，杀死了加尔格。另一方面，Haruna的青梅竹马Yoko也因Bilshard对人体进行的强制纳米化而陷入脑死亡状态。失败感和虚无感在人类中蔓延。另一方面，外星人，宗教种族Echever的大主教Metphis，主张哈鲁纳从战斗中幸存下来是一个“奇迹”，并因此增加了他的追随者。这是为了实现埃克塞特隐藏的“终极目标”。米安娜和美娜对这样的埃克斯维尔保持警惕。此外，庆南还问自己，作为一个“人”，应该做什么。很快，在无人能敌“哥斯拉地球”的地球上，覆盖着金色闪光的“基多拉”降临，惊天动地的超次元大战开始了。什么是“哥斯拉”？一个人应该做什么？庆南眼中的未来是。在最后一章中，一切都会明朗起来。
