25年前,法官鹫田完治(佐藤浩市 饰)只身前往北海道赴任。在某次庭审中,他意外发现因持有违禁药品而被起诉的嫌疑人居然正是他学生时代的恋人结城冴子(尾野真千子 饰)。法庭之上,四目相对,心底沉寂已久的情感再度复苏。宇宙世紀(U.C.)0093年,成為新吉恩總帥的夏亚·阿兹纳布尔對於依然被地球重力所束縛的人類靈魂感到絕望,決心以激烈的手段加以肅正。查知此事的地球聯邦軍王牌駕駛阿姆罗·雷與其所屬的朗德·贝尔艦隊一起與夏亚所領導的新吉恩軍展開最後的決戰...