出生在海里，守护着大海，走向大海——那就是蓝色的美人鱼！为了维护海洋安全，专业的“蓝美人鱼”进入了位于山本的横须贺女子海洋学校。她被任命为“春日”号巡洋舰的船长，并与同学一起参加了一次海上实习。
在这部由大学生Shobu Shofu和因心脏病超过预期寿命的大学生Yuho Shinmu的天文梦改编的戏剧中，他们凭借作品《成为明星的奇妙之美》获得了大奖。当不知名的娜塔莎·钦萨卡在天文馆意外相遇时，故事展开了。
在危急的情况下，特勤局NERV的葛成美救出了真嗣，并在西本的指挥下将他带到了NERV的总部。但迎接真嗣的是他父亲的冷酷命令：驾驶一个名为“EVA”的巨大人形机器人与使徒作战。Shinji已经表示拒绝，在看到严重受伤的替补司机Ayumi后，他决定遵守父亲的命令。就这样，从未接受过作战训练的真嗣准备驾驶长荣第一架飞机对抗使徒。不断攻击的使徒、身份不明的Ayanami、来自德国的司机Soeru Mingrika Langley和14岁的男孩面临着远远超出他们自身能力的挑战。秀吉平静地观察着一切，一个名为“人类完成计划”的神秘计划正在按照他的计划实施。
