所谓的“除妖”,即是把由于某些缘由而从原本应在的“隐世”来到“现世”停留的妖怪们送回“隐世”这一工作。某天,被妖怪附体的高中生·芦屋花绘,依靠偶然发现的联络方式,来到了专门除妖的物怪庵,在那里的是一脸不高兴的店主安倍晴斋。长期以来,联邦调查局副局长卡特(西德尼·波蒂埃饰)和俄罗斯情报官员瓦伦蒂娜(戴安·韦诺拉饰)一直在追捕一名非常危险的罪犯。他拥有高度致命的化学武器,精通计算机和变装,狡猾而残忍,是对世界和平的主要威胁。