在剧场版第二章中被黑化后,小樱吸收了许多仆人的灵魂,被世界上所有的邪恶所控制,成为黑色圣杯的化身。最后,当得知所有出租车司机都放弃了成为同伴,选择保护樱花时另一方面,超自然研究部门的成员在享受平稳的日常生活的同时,正在逐渐准备与巴里家族的排名游戏,以及与一郎等人的学习之旅。这次游学的目的地是京都,那里有不同的神话体系。义成等人对观光充满期待,但一到就卷入了灾难团与居住在古都的怪物之间的纠纷。一郎正在探索新的“可能性”,以保护利亚斯热爱的京都。