四年の月日が流れ、相良は今、横浜でナイトクラブ“スカーレット”を営むかたわら“逃がし屋”をやっていた。そうしたある日、探し続けていた秋子がグエンと名のる男と店にやって来た。グエンの祖国では革命が起り、直ぐ帰国しなければならない彼は、相良にシンガポール行きの船を捜してくれと頼みにきたのだ。冷たい目で秋子を見つめる相良、むろん彼は断った。この気配を、本国からの反グエン派の手先の佐伯は逸早く察し、警察も密出国幇助罪で相良を調べ始めた。そんななかで秋子は毎晩スカーレットに通い、夫の密出国を助けてくれとたのむのだった。やがて捜査状況も一段と厳しくなってきた。かたくなになっていた相良も今は、秋子の幸せのためにも“船を捜そう”とグエンに約束した。感激したグエンはここではじめて告白するのだった。四年前秋子をひいたのは自分の車で、そのため秋子は子供を生めない身体になってしまい、相良との夢が破れた秋子はグエンの求婚を受け入れたのだ。－－ということをしゃべった。そして今二人の結び付きの固さを見て、秋子への想いを断ちきり、相良は二人の幸せのためにと是が非でもシンガポール行きの船を見つけようと心に誓った。かけずり廻ってやっとつかまえた船の中でグエンの脱国を阻止しようと待ち構えていた佐伯らと、相良は激しい戦いを展開し、ついに佐伯を倒した彼は、無事グエンと秋子を日本から脱出させてやったのだった。その夜、港には深い霧がたちこめていた。
孤单伫立于京都寺町三条商店街的古董店“藏”。 女高中生真城葵偶然地与“藏”店主的儿子家头清贵相识，并开始在“藏”打工。 清贵虽然言行举止很温和，却具备令人恐惧的敏锐直觉，人称“福尔摩斯”。
某日，在同MU激烈交火之时，一位名为神名绫人（下野紘 配音）的平凡少年意外的来到了位于东京湾的地下神殿之中，在这里，绫人见到了巨型机器人“Rahxephon”，并且成为了它的驾驶者。 在神秘女子的紫东遥（久川绫 配音）的带领下，绫人来到了防护壁之外，加入了TERRA，并且在那里遇见了名为如月久远（桑岛法子 配音）的女子。MU组织对TERRA发起了进攻，当TERRA的存亡陷入危机之中时，绫人再一次驾驶着Rahxephon，成为了这个组织的救世主。
