由于“正体不明的烟雾”而变成“无法死去”之身的小林， 期盼着自身的死，拒绝与他人的接触。 对于这样的他的存在怀有兴趣的花崎向他提出“要不要加入‘少年侦探团’？”…… 小林与花崎。他们的相遇， 终将与世纪的犯罪者怪人二十面相和明智小五郎的因缘相互交错， 并推动两人的命运……
主人公朝仓纯一进入风间学院，继续过着自己的校园生活。他的流行语“太困了”消失了，变成了一个外向、勤奋、热爱运动的年轻人。此时此刻，他的两个姐妹，两年前离开的朝仓银梦
在遥远的未来，世界人口在达到峰值后将开始呈现下降趋势。为了确保物种的繁荣和生存，人类创造了用于管理生态系统的人工智能，并进行了“人类多样性实验”。
