东京大街上的一角，某栋高楼的顶层废弃小屋中。町屋翔太正在制作梦想中的火炬，而他的朋友绫瀬明日奈的父亲的尸体，出现在了这座大厦。警察的调查没有什么结果。
为了寻找自己命运的线索，埃克斯踏上了旅途。 身世神秘的调音巫女蕾娜（上田丽奈 配音）、好爽奔放的强壮青年塔奥（江口拓也 配音）、我行我素不拘小节的少女诗音（久保田未梦 配音），一路上，埃克斯遇到了很多拥有异常生命之书的旅伴们，在结伴而行的过程中结下了深厚的友谊。
为了避免裁员激增，公司高层决定打开局面，将侵略的目标锁定在宇宙中。就这样，Fighter Six（由白井洋介配音）和Mizumi型仿生机器人Alice Moon（由福田洋助配音）被派往一个与地球环境相似的外星。谁知道这个星球上的人们正受到恶魔军队的骚扰和入侵。因此，六号战斗机自然而然地开始扮演一个勇敢的战士的角色，与当地居民合作对抗恶魔王军。
