在危急的情况下,特勤局NERV的葛成美救出了真嗣,并在西本的指挥下将他带到了NERV的总部。但迎接真嗣的是他父亲的冷酷命令:驾驶一个名为“EVA”的巨大人形机器人与使徒作战。Shinji已经表示拒绝,在看到严重受伤的替补司机Ayumi后,他决定遵守父亲的命令。就这样,从未接受过作战训练的真嗣准备驾驶长荣第一架飞机对抗使徒。世界的命运交给了一个14岁的男孩,而隐藏在“第二次冲击”中的“人类完成计划”似乎也开始采取行动。掌握了所有答案的隐元都只是观察,没有任何动作,好像一切都已经写进了剧本。
故事围绕高仓氏的三个兄弟姐妹展开,包括高仓小林(木村义弘配音)、高仓静马(木村吉弘配音)和病入膏肓的妹妹高仓义弘(荒川美穗配音)。有姐妹控制情结的高仓兄弟都非常珍惜杨秋,但医生让他们做好了随时失去妹妹的准备。