即使在被阿德尔袭击后，爱丽丝仍然相信杀死阿德尔的黑暗王子，并订立了一项“契约”，让世界和平共处。但他们的“协议”被黑暗之王践踏了。不仅是白人，还有黑人试图摧毁黑暗之王。发现这一点的黑暗王子在地下叹了口气，获得了飞越天空的力量，朝着爱丽丝的位置飞去。黑暗王子在镇压黑暗军队并向爱丽丝伸出援手的同时，宣布了世界末日
1996年，北海道道东。因一次不容错过的考试，美丽的女孩平泽纱枝（新垣结衣 饰）邂逅了阳光爽朗的男孩木内康平（生田斗真 饰）。不过这次相逢并不顺利，康平因驾驶汽车出了车祸延误了纱枝的考试，自己也被学校责令退学。
「攻殻機動隊」の士郎正宗が原案、「エクセル・サーガ」の六道神士が漫画を手がけるコミック「紅殻のパンドラ」をアニメ化。先進国の一部ではサイボーグや自律ロボットが普及しはじめた時代。
