为了找到祖父约瑟夫的私生子，近藤诚太郎（小野大辅配音）来到了都王池。名为小野真介（由小野友树配音）的高中一年级男孩正是近藤诚太郎要找的人。令他惊讶的是，小野真介拥有和自己一样的“双重”能力。
在人类、妖怪、混沌三种势力相互并存争斗的世界里，伴随着现实总数和负熵的崩溃。从杰巴沃克的迷宫中逃离的美少女筝，在持续追寻着“黑兔”的踪影，另外还有各种各样的人们跟筝一样也在追寻着“黑兔”。在时间静止的京都这个舞台上，一场幻想动作剧即将上演。
经过生死考验的新免武藏（三船敏郎 饰）在僧人泽庵（尾上九郎又兵卫 饰）的举荐下侍奉大名，并更名宫本武藏。为了磨练意志和武艺，他离开等待自己的阿通（八千草薰 饰），四处云游挑战强者。
