Yuyuan Mayu（大政宣饰演）是一个美丽但有点古怪的女孩，在学校里很少与他人互动。她整天独自旅行，行踪神秘。在这一天，一个英俊的男孩找到了她，这个被麻友（龙加饰演）称为“阿道”的男孩给她带来了无尽的快乐。
它于1881年举行。随着西方化的迅速发展，对政府不满的人数增加，监狱里挤满了囚犯，越狱也被推迟了。然后，政府在滋贺县琵琶湖设立了一个笼子，专门关押重罪犯，以及无法逃到日本的琵琶湖监狱和监狱大门。
故事发生在箱庭学园，黑神目泷（丰崎爱生 配音）是学园一年级的新生，作为学校里的学生会长，黑神拥有完美的外表，优异的成绩，强健的身体和丰厚的家底，如此完美的女神，在生机勃勃的校园里会遇见怎样有趣的故事呢？ 人吉善吉（小野友树 配音）是黑神的青梅竹马，两人从小玩到大，彼此之间感情十分要好。作为支持率百分之九十八的学生会长，黑神联手人吉善吉设置了“意见箱”，同好友阿久根高贵（浪川大辅 配音）、喜界岛枫夏（芽野爱衣 配音）等人一起，解决校园中的各类疑难杂症。然而，随着黑神的势力越来越大，一些不友好的声音随之而来。
