在公元2015年,一个魔术尚存的最后时代之中。人理继续保障机关「Chaldea」,透过近未来观测镜「Sheba」突然发现人类即将在接下来的2016年中毁灭。
所谓的“除妖”,即是把由于某些缘由而从原本应在的“隐世”来到“现世”停留的妖怪们送回“隐世”这一工作。某天,被妖怪附体的高中生·芦屋花绘,依靠偶然发现的联络方式,来到了专门除妖的物怪庵,在那里的是一脸不高兴的店主安倍晴斋。
天保二年冬天,运金船在越前鲭江藩海上遇难,附近黑崎村村民拾得金银,但不久后全村人离奇消失。 三年后浪人胁坂孙兵卫(仲代达矢 饰)遭人追杀,刺客正是孙兵卫当年的好友带刀所派,继而得知,村民消失事件将要再次发生。这背后究竟隐藏着什么样的秘密?