Kochi(由Reika Matsumoto配音)来自镇心镇,他的目标是成为神奇宝贝的顶级教练。在他即将踏上训练师之旅的那天,由于迟到,他没有收到最初的精灵。
其实,水月一直暗暗的喜欢着孝之,在生日当天,她找到了正准备和凉宫遥约会的孝之,希望他能够送自己一枚戒指作为礼物。然而,当孝之告别水月来到约会地点时,等待着他的却是凉宫遥因车祸而陷入昏迷的噩耗。三年之后,凉宫遥从昏迷中苏醒了,可是她的记忆依旧停留在三年前出事的那一天,殊不知此时的孝之和水月早已经走到了一起。
铃可是一名时空巡逻员,某日,在巡逻之中,她发现战国时代即将发生打乱,于是决定穿越到那个时代,解除危机,没想到在穿越的过程中,铃可竟然遭到了莫名的敌人的攻击,兵荒马乱之中,铃可来到了二十世纪,刚刚好跌落到了男孩野原新之助(矢岛晶子 配音)家的庭院之中。 铃可附身在了小新所饲养的宠物狗小白的身上,借小白之口向美伢(楢桥美纪 配音)和广志(藤原启治 配音)说明了事件的前因后果,于是,一家三口跟随着铃可,穿越回了十六世纪的战国时代,在哪里等待着他们的,除了新奇刺激的体验,还有无穷无尽的危险和穷凶极恶的敌人。