本作の主人公は、推理小説家に憧れながらも貧乏生活を送る平井太郎。のちに江戸川乱歩となる人物で、ひょんなことから出会った初老の名探偵・白井三郎とともに難事件に巻き込まれていく。
故事发生在箱庭学园,黑神目泷(丰崎爱生 配音)是学园一年级的新生,作为学校里的学生会长,黑神拥有完美的外表,优异的成绩,强健的身体和丰厚的家底,如此完美的女神,在生机勃勃的校园里会遇见怎样有趣的故事呢? 人吉善吉(小野友树 配音)是黑神的青梅竹马,两人从小玩到大,彼此之间感情十分要好。作为支持率百分之九十八的学生会长,黑神联手人吉善吉设置了“意见箱”,同好友阿久根高贵(浪川大辅 配音)、喜界岛枫夏(芽野爱衣 配音)等人一起,解决校园中的各类疑难杂症。然而,随着黑神的势力越来越大,一些不友好的声音随之而来。
故事发生在星海学院。从表面上看,Yoyo Yoshizaka(由Nayama Onghui配音)只是一个普通的年轻人。然而,在现实中,他拥有夺取他人尸体的超能力。这么多年来,吉坂一直依靠自己的超能力过着平静的生活。