明治政府建立二十余年,新时代虽已来临,却似乎与人们心中——尤其是维新志士心中的那个理想国度相差甚远。国家仍处在大时代的动荡惶恐之中,战争的阴影仍笼罩在日本的上空。
这是一个对小雪来说太过沉重的现实——渴望幸存者、活跃在黑暗中的神秘组织和隐藏的阴谋。拓爷和小雪,原本是陌生人,随着他们的旅行,他们的关系逐渐加深,并接近了消灭城市的奥秘。
一个名叫克鲁贝洛斯(由久川雅雅配音)的会说话的玩偶出现在她面前。小可告诉她,他是守护这本书的神兽,书中封印着一种名为库洛牌的东西。现在封印解除了,它希望小樱成为一名库罗法师,并将帮助她恢复这些制造麻烦的库罗牌。第二天,一个叫李晓朗(由熊井素子配音)的转学生被调到了樱花的班。这个看起来很酷的男孩也是冲着库罗牌来的。随着库罗牌的封印,越来越多的角色出现在小樱身边,但他们的真实目的仍然未知。