故事发生在日本江户时代,当时一名神秘男子出现在武士桂(石田明配音)面前。他手里拿着魔剑“红樱”,要求对其进行测试。当晚之后,桂的下落不明。桂的宠物伊丽莎白(高松伸树配音)从万石屋找到了信高(Naomiya Rihui配音)和信矢加(Sakaguchi Daisuke配音),并委托他们寻找主人的下落。与此同时,银石(杉田智和饰)也被委托寻找调皮捣蛋的红樱的下落。三人的线索聚集在一艘飞艇上,由于远离警方的管辖范围,飞艇内的邪恶势力被完全隐藏起来。在那里,银石遇到了他的前战友、现任对手高崎信三(由齐安武史配音),他正带领他的幽灵军队试图摧毁江户。一边是令人发指的恐怖分子,另一边是残忍嗜血的妖刀红鹰。身受重伤的银石能否安全逃生,拯救江户?这部剧场版翻拍了《银魂》动画中的《红樱物语》,没有出现在原作中的真选组也将在故事中展示他们的技巧。
负责管理和照顾这些孩子的女人名叫伊莎贝拉(由Yuko Kafida配音),孩子们喜欢叫她“妈妈”。每隔一段时间,就会有一个孩子被收养并离开农场,住在这里的孩子们将此作为他们的人生目标。一次偶然的机会,Emma发现了这个孤儿院背后隐藏的秘密。那些离开的孩子根本没有被收养,而是被屠杀了。住在格雷斯农场的孩子实际上就是这个农场饲养的“牲畜”。
将物理和装备技术结合在一起的终极战斗技术——“MEGALO BOX”——开始了男人们的激情之战,他们把所有的赌注都押在了它身上!MEGALO拳击手“垃圾狗”,今天也站在未被承认的地区的赌博场上。