少女为了保护悠二不被法利亚格尼袭击，开始与悠二一同生活。悠二满怀感激向少女道谢，不料少女却如此低喃：“你已经不存在了。” 我已经死了？存在丧失者·悠二为何还能够思考呢……
在暑假结束後的第一天，一名因为意外而回到过去的大佐基利亚共和国驾驶员，对渡瀬青叶展开了袭击。弓原雏为了保护渡瀬青叶，也乘上了自己的机体，与敌人展开战斗。但最后两人却因为又一次的意外，来到了未来的世界。
对知识有强烈渴望的建井太郎（由神岛俊二配音），乐观开朗、积极工作的水泽由美，稳重、认真、高度信任的樱井裕造（由斋藤裕成配音），温柔善良的樱井裕造（由斋藤裕成配音）、宫本千寻（由山本希望配音）和铃木嘉奈（由仙台优里配音），六个互不相识的年轻女孩在黑暗中聚集在这里，即将开始她们华丽的冒险之旅。
