主人公与同伴为了确认这一传言是否属实,不料被拉进了异空间,在那里被称为暗影的怪物袭击,与怪物接触时主角一行人的Persona能力觉醒。为了掘开深夜电视与连续杀人事件之间的关系,以及避免其他人被卷入该事件,他们组成了特别搜查队展开了战斗。
古色古香的京都,奇妙的恋爱之旅正在展开。春天,黑发少女踏上寻找伪电气白兰地的夜之旅,学长却被从天而降的锦鲤砸晕;夏天,少女在旧书市寻找心爱的童年绘本,学长则面临残酷的火锅地狱;秋天,身背红鲤鱼的少女化身不倒翁公主,与拼死出演顽固王的学长相遇在学园祭的舞台;冬天,手持梦幻感冒药的少女打倒感冒之神,与学长一起向京都的天空飞去……