这是一部群像剧，以主人公公安九为中心，描绘了战斗女孩。故事告诉了掌握高端智能技术“魔法”的人类的故事，他们利用魔法的力量克服了地球上的战争、饥饿和污染等问题，最终迎来了一个理想的和平家园。
故事设定在一个身怀魔力的人类濒临灭绝的世界，武力的最高境界从使用利剑，转而到使用魔法，继而变成了使用枪械。就读于培训用以取缔残存魔力威胁的“异端审问官”专业机关——“对魔导学园”的男主角草薙哮，是个完全不会使用枪械，只靠一柄刀与敌人交锋的另类。而他率领的第35试验小队又被称为“杂鱼小队”，顾名思义是由一群劣等生拼凑而成的团队。某一天，拥有“魔女猎人”资格的超精英持枪高手凤樱花，竟然加入了这支队伍。在带领队员动身执行回收魔导遗产的任务中，一场学园动作奇幻大作就此开始。
第三季的故事将讲述在前二季动画中，经过前所未有的激烈战斗后第三十届「QUEEN’S BLADE」最终结束。 前任女王，逢魔女王阿尔德拉被打败了，新一任的女王由雷云之将克劳迪特上任。 本身被公认是人格高尚的克劳迪特成为女王之后却性格大变，让整个大陆陷于战火的地狱之中。为了对抗这暴君的暴政及抹去人民的絶望，骑士公主安妮洛特便展开行动，与跟自己结成义姐妹的美斗士一起，扬起叛乱军的正义旗帜。安妮洛特与克劳迪特的战斗就此不可避免地终将展开，喜欢「女皇之刃」系列的大家又可以一睹众美少女战士的英姿了。
