一路上打败诸多高手的武藏挑战吉冈拳法道场，适逢馆主清十郎（平田昭彦 饰）外出，内中徒众一一落败，武藏留下挑战书扬长而去。然吉冈徒众怀恨在心，几番设计谋害武藏，皆被破解。而另一方面，武藏却与阔别已久的阿通和朱实（冈田茉莉子 饰）不期而遇，刀光剑影中，武藏对爱情作出了断，也完成了和宿敌佐佐木小次郎（鶴田浩二 饰）的初次相逢……
元军攻打日本之际，中国大陆的妖怪为了得到死者魂魄亦东渡日本。在这里，他们遭遇了犬夜叉的父亲斗牙王。经过一番艰苦鏖战，大陆妖怪最终被封印在斗牙王的牙齿中。 时间回到战国时代，四魂之玉的一枚碎片飞到不归之森，唤醒了大陆妖怪首领之子玛瑙丸。
