为了纪念着一去不复返的夏天，喜爱摄影的少年雾岛海人（岛崎信长 配音）决定和朋友们自导自演一部影片。正当影片准备动工之时，陌生女孩贵月一花（户松遥 配音）的身影吸引了海人的视线。
这个为期11年的节日即将在Masaki Shigeru城堡举行，他被命令陪同冈村幸雄（福山润配音）处理幽灵列车事件。然而，由于冈村亮（冈本信彦配音）和静美（金泽和香配音）自己做出决定，局势正朝着最混乱的方向发展。
並由地球統合軍將其改造成為全長1200公尺的超大型主力戰艦，命名為「馬克羅斯」（MACROSS，德文「大宇宙」之意）。其間人類卻也歷經統合派與反統合派國家陣營的分裂，在綿延的爭戰中馬克羅斯的改修則仍然持續著。直到10年後，在馬克羅斯舉行正式起用下水典禮的當天，在月球軌道附近突然發現有大規模的時空跳躍反應。而此時馬客羅斯艦上的主炮竟自動發射，並擊中在月球出現的外星艦隊觀測艦！事已至如此頓時成了趕鴨子上架，不把對方惹毛才是怪事……於是統合軍只好展開接戰，並讓馬克羅斯升空啟航，以轉移敵方注意。青年一條輝陰錯陽差的坐上了統合軍的戰機捲入戰鬥，並救起了一位名叫林明美的少女，且與艦上女軍官早賴未沙的不吵不相識……被稱為「第一次宇宙大戰」的這場人類對異星人的戰爭就此揭開了序幕。而圍繞在輝、明美與未沙之間的感情糾葛，卻也開始介入了戰事的發展之中，甚而成為主導後來歷史走向的契機……
