与此同时,一对为了复仇,化装成艺妓流浪卖艺的野子姐弟(大家由佑子、橘大五郎饰)也来到此地,他们的目标是镇上恶霸银藏和扇屋等。好打抱不平的座头市得知其中隐情后,决定帮助姐弟俩报双亲被杀之仇,而服部却成了敌人所雇佣的保镖,一场生死大战在所难免。
昆虫既不是动物,也不是微生物,而是自然界中无处不在的力量,拥有独特的生命形式,偶尔与人类生活发生交集,孕育出一些精彩的故事。但即使人们意识到“昆虫”的存在,大多数时候他们也不知道如何应对,这需要“昆虫大师”出面。阴谷是个蠕虫大师。
柯南、小兰等人理所当然也接到邀请,甚至电视台的人也兴师动众前来。随着时间的流逝,双方的对决悄悄展开。另一方面,恐怖组织红色暹罗猫也登上了飞船。此前不久,红色暹罗猫袭击了国立东京微生物研究所,并盗走一种致命的病毒。 本片根据青山刚昌的同名漫画改编,是该动画的第14部剧场版。