世界受“魔甲虫”威胁，大地遭其占据，人类如今只能住在天空中的浮游都市里。人类当中诞生出以魔力对抗“魔甲虫”的魔法师——空战魔导士。就读空战魔导士培育机构——学园浮游都市“密斯特岗”的彼方·英司，是被冠上“黑之剑圣”称号的S128特务小队菁英王牌。然而，如今他却被视为“特务小队的叛徒”而受到众人轻蔑、厌恶……某天，彼方被任命为连战皆败的E601小队教官。这支小队收容了三名个性特异的少女——？由叛徒与问题学生少女们展开的雄豪进击，现在启动
在一个每个角落都被探索过的世界里，唯一剩下的秘密领域是大洞穴“阿比斯”。我不知道它会在哪里继续。巨大的垂直洞穴，深而无底，栖息着奇妙而奇怪的生物，睡在今天人类无法创造的珍贵遗迹中。“阿比斯”令人难以置信的姿态吸引了人们，驱使他们开始冒险。
舞台是“绿色世界”中理性的象征，但它正受到“红色世界”中由本能支配的生命形式Nightfly O'Note的攻击和入侵。17岁时，主人公马黄明被任命为青年世界的研究员。
